元武宗至大元年，觉皇殿蠹朽倾颓，住持正传捐资与平章张缔重修，至仁宗皇庆元年落成。顺帝至正己亥，寺毁于兵。癸卯，住持辅良始建方丈室伽蓝堂。

明太祖洪武十七年，住持慧明建觉皇殿成。永乐元年，善才增塑佛像及诸供具。宣德五年闰十二月，觉皇殿灾。九年，住持昙瓒建左右翼门，又住持良玠建觉皇殿，复还旧观。正统十一年，玹理建直指堂，堂额为张即之所书。隆庆三年，全寺毁于雷火，止余直指一堂。时海寇纷扰，寺僧德明等图复兴而力不足。

万历十年，吏部尚书张瀚及司寇陆光祖命寺僧迎如通任住持，至即讲经，信施很多，从十一年冬开始重修，经五年落成。大殿仿唐式，用平头柱四十八，石柱十六，改觉皇殿为大雄宝殿。又就弥勒阁旧址建三藏殿，其后为直指堂，又后为方丈，方丈左为妙应阁，右为选佛斋，张瀚又为之记。二十八年，司礼太监孙隆重修，于三藏殿中置轮藏以奉藏经，计六百三十八函。轮藏之左为药师灯藏，计四十九灯。轮藏之右为水陆像藏，总一百二十五轴。崇祯十三年，寺中又遭回禄，仅存大殿、直指堂及转轮殿。